Neobarokinio stiliaus klebonija pastatyta 1924 m., projekto autorius – Aleksandras Gordevičius (1891–1941). Klebojina – vėlyviausias XV a. II pusėje – XX a. I pusėje susiformavusio komplekso statinys. Pirmasis komplekso statinys buvo Kauno Šv. Mikalojaus bažnyčia, kurios kilmė nėra susijusi su Kauno benediktinėmis ir kuri pirmą kartą rašytiniuose šaltiniuose paminėta 1493 m.

1503 m. Lietuvos didžiojo kunigaikščio Aleksandro (1461–1506) privilegija ši bažnyčia, dar vadinta Antakalnio koplyčia, atiteko Kauno parapijai. 1621 m. Lietuvos didysis kunigaikštis Zigmantas Vaza (1566–1632) Kauno pavieto maršalkos Andriaus Skorulskio prašymu inicijavo Kauno benediktinių vienuolyno steigimą ir prašė Vilniaus vyskupo Eustachijaus Valavičiaus (1572–1630) paskirti benediktinėms tuo metu apleistą Kauno Šv. Mikalojaus bažnyčią. Benediktinės iš Nesvyžiaus atvyko į Kauną apie1622 m., bažnyčia joms perduota 1627 m.

KPD ir Kultūros vertybių registro nuotr.

1655–1661 m. Rusijos kariuomenei okupavus Kauną, benediktinės miestą paliko, okupacijos metus praleido palivarkuose. 1864 m. caro valdžios įsakymu nebeleista į vienuolyną priimti naujokių. 1905 m. vienuolyne atidarytas noviciatas. 1911 m. prasidėjo vienuolyno bendruomenės skilimo etapas. Nauja vienuolyno vyresnioji skatino tik lenkiškos kultūros puoselėjimą vienuolyne. Tačiau 1919–1924 m. prasidėjo atsigavimo laikotarpis, vienuolinį gyvenimą atnaujinti benediktinėms padėjo vyskupas Jurgis Matulaitis (1871–1927). Dvasinį vienuolyno būvį sustiprino vyskupas, bendruomenės kapelionas Teofilius Matulionis (1873–1962), kuris 1938 m. įvedė Švč. Sakramento adoraciją. 1948 m. Kauno Šv. Mikalojaus bažnyčia ir Benediktinių vienuolynas buvo uždaryti. Bažnyčia perduota Respublikinei bibliotekai, o vienuolėms liepta išsikraustyti. 1990 m. bažnyčia grąžinta tikintiesiems. 1992 m. bažnyčia atšventinta ir atidaryta visiems tikintiesiems, benediktinės grįžo į vienuolyną. 2014 m. greta Kauno Šv. Mikalojaus bažnyčios palaidotas kunigas, monsinjoras, dėstytojas, teologijos daktaras, Kauno Šv. Mikalojaus bažnyčios rektorius, benediktinių vienuolyno kapelionas Vytautas Sidaras (1925–2014).

Kauno Šv. Mikalojaus bažnyčios ir benediktinių vienuolyno statinių komplekso klebonijos (unikalus kodas Kultūros vertybių registre 22363) stogo ir fasadų tvarkybos (restauravimo) darbai vykdomi lėšomis, skirtomis iš Lietuvos Respublikos Paveldotvarkos programos, kurią kuruoja Kultūros paveldo departamentas prie Kultūros ministerijos.

Prie tvarkybos darbų prisideda ir Kauno miesto savivaldybė. Numatoma darbų pabaiga – 2023 m. lapkritis.