1919 m. Į Vilkiją atvažiuoja jaunuolis, vilkintis studento uniforma, ir prisistato Vilkijos mokyklos direktoriumi. Direktorius yra, bet nėra nei patalpų mokyklai, nei inventoriaus, nei mokinių. Tokia buvo pirmojo Vilkijos mokyklos vadovo Simono Aksamitausko darbo pradžia Vilkijoje. Tuomet įstaigoje buvo septyni keturviečiai suolai, rašomoji lenta, trys žemėlapiai, bibliotekoje – šešiolika knygų, o mokytis panoro penkiolika vaikų.

1920 m. mokykla įsikūrė buvusiame javų sandėlyje, vėliau augo ir plėtėsi. 1938 m., vadovaujant direktoriui V. Butkui, gavo valstybinės progimnazijos statusą ir tapo tikru Vilkijos krašto švietimo židiniu. Antrojo pasaulinio karo metais Vilkijos mokykloje mokėsi apie 350 mokinių. 1941 m. ugdymo įstaiga išaugo į gimnaziją. Direktorius įtikino tėvus, kad ir sunkiausiomis sąlygomis būtina šviestis.

1963 m. netoli senosios mokyklos buvo pastatytas naujas pastatas su medžio ir metalo apdirbimo dirbtuvėmis, kabinetais, aktų ir sporto sale, biblioteka. Sovietmečiu Vilkijos vidurinė mokykla garsėjo tuo, kad ją baigę moksleiviai gaudavo mechanizatoriaus, bibliotekininko, elektriko, buhalterio kvalifikacijos pažymėjimus. Mokykla netgi turėjo traktodromą su trimis traktoriais ir įvairiais padargais.

Vilkijos gimnazija visais laikais buvo patriotizmo tvirtovė, garsėjanti šauniais mokytojais, skautų organizacija, tautodaile, o pastaraisiais metais – ir merginų futbolu.

Vilkijos gimnaziją lankė rašytojas Petras Cvirka, skulptorius Alfonsas Ambraziūnas, literatūros kritikas Vytautas Kubilius, rašytojas ir kraštotyrininkas Pranas Mikalauskas-Antalkis, aktorius Eimutis Kvosčiauskas, disko metikas Andrius Gudžius ir daugelis kitų žinomų žmonių.

V. Makūnas pabrėžė, kad Vilkijos gimnazija visais laikais buvo patriotizmo tvirtovė, garsėjanti šauniais mokytojais, skautų organizacija, tautodaile, o pastaraisiais metais – ir merginų futbolu. Mokyklą daug metų garsina mėgėjų teatras „Vizija“, kuriam vadovauja mokytoja Irena Štilpaitė.

Direktorė D. Kieliauskienė džiaugėsi, kad Kauno rajono savivaldybės pastangomis Vilkijos gimnazija atsinaujina ir gražėja, o ją nori lankyti vis daugiau moksleivių, nemažas jų būrys atvyksta iš kaimyninio Jurbarko rajono.